饶漱石被开除党籍、交公安部门侦讯后，公安部于1955年4月1日由公安部按法律程序予以逮捕审查。公安部还组织了饶漱石专案组，对饶漱石进行内查外调，还多次审讯饶漱石。经过长时间的侦讯后，并没有发现饶漱石是内奸的确切证据，也没有发现什么新问题。但饶漱石的问题已经在党的中央全会上被定性，公安部门在报告中，仍然断言饶漱石“实际上是一个反革命集团”。此后，饶漱石的问题就被长期搁置下来。
1965年8月30日，中华人民共和国最高人民法院判处饶漱石有期徒刑14年，剥夺政治权利10年。1965年9月23日，饶漱石被假释出狱，安排到一个农场，但并不让他参加劳动，实际上是把他养了起来。中央当时还给他配了服务员、厨师各一人，每月发给他生活费200元。在当时，这已经是不小的数目了，足够饶漱石维持较高的生活水平。“文革”爆发后，饶漱石于1967年被重新收监。这次收监，实际达到的结果，是保住了饶漱石的性命，因为在“文革”那样大动乱的年月，饶漱石如果不被收监，很可能会在被红卫兵的批斗中死亡。
与饶漱石共同工作过的人中，除了上面提到的潘汉年、杨帆外，其他人一概没受牵连，中央都给安排了适当的工作。
至于认定饶漱石为“反革命集团”首犯的问题，中央虽然没有做出复查结论，但在党的十一届三中全会后，这个所谓“反革命集团”中的潘汉年、杨帆相继平反，这样，这个“反革命集团”也就不存在了。中央在1986年8月出版《毛泽东著作选读》两卷本时，在第436条注释中写道：饶漱石在任中共华东局第一书记兼上海市委第一书记期间，“直接领导潘汉年等在反特方面的工作。由于潘汉年被错定为‘内奸分子’，饶漱石主持反特工作中的一些活动被错定为内奸活动，他因此被认定犯有反革命罪并被判刑。”这段经过中央同意的注释的发表，说明中央用特殊的方式，单独为饶漱石的被“错定为内奸”、犯有“反革命罪”，平了反。1975年，饶漱石因病去世，享年72岁。